Nel suo discorso di apertura in Cile, Papa Francesco ha voluto scusarsi  e ha detto di sentire “dolore e vergogna” per  i “danni irreparabili” causati alle vittime di abusi sessuali da parte del clero ai bambini cileni. “Vorrei unirmi ai miei fratelli nell’episcopato, perché se è giusto chiedere perdono e sostenere le vittime con la forza, dobbiamo allo stesso tempo impegnarci a garantire che ciò non accada di nuovo”, ha aggiunto. Nei giorni prima della visita si è  riaccesa la polemica dei casi di pedofilia nella Chiesa e da diversi settori avevano chiesto un gesto al Pontefice argentino a favore delle vittime di abusi. L’ottuagenario padre  Fernando Karadima, anziano formatore  carismatico di preti, è stato condannato nel 2011 da una corte vaticana per aver commesso atti di pedofilia negli anni ’80 e ’90 ed è stato costretto al ritiro ad una vita di penitenza. Ma nel gennaio 2015, Papa Francesco prese la controversa decisione di nominare il vescovo Juan Barros come capo di una diocesi nel sud del paese, quando fu sospettato di aver protetto il vecchio prete condannato in passato. Nell’aprile 2011, la Chiesa cattolica in Cile si è formalmente scusata per tutti i casi di abusi sessuali su minori commessi dal clero e per la sua mancanza di reattività alle lamentele in passato.  Se sotto la dittatura di Pinochet, la Chiesa è stata ammirata per il suo ruolo nella protezione dei diritti umani, oggi  la chiesa , in seguito a questi scandali ha perso molta credibilità  e la percentuale di persone che si dichiara atea è aumentata dal 12% al 22% tra il 2006 e il 2014.